MS III. yy'da Kapadokya'ya Hıristiyanlar gelir ve bölge onlar için bir eğitim ve düşünce merkezi olur. 303-308 yılları arasında Hıristiyanlara uygulanan baskılar iyice artar. Fakat Kapadokya baskılardan korunmak ve Hıristiyan öğretiyi yaymak için ideal bir yerdir. Derin vadiler ve volkanik yumuşak kayalardan oydukları sığınaklar Romalı askerlere karşı güvenli bir alan oluşturur. IV. yy, daha sonra "Kapadokya'nın Babaları" olarak adlandırılan insanların, dönemi olur. Fakat bölgenin önemi, III. Leon'un ikonları yasaklamasıyla doruk noktasına ulaşır. Bu durum karşısında, ikon yanlısı bazı kişiler bölgeye sığınmaya başlar. İkonoklasm hareketi yüz yıldan fazla sürer (726-843). Bu dönemde birkaç Kapadokya kilisesi İkonoklasm etkisinde kaldıysa da, ikondan yana olanlar burada rahatlıkla ibadetlerini sürdürdüler. Kapadokya manastırları bu devirde oldukça gelişir.

Yine bu dönemlerde, Anadolu'nun Ermenistan'dan Kapadokya'ya kadar olan Hıristiyan bölgelerine Arap akınları başlar. Bu akınlardan kaçarak bölgeye gelen insanlar bölgedeki kiliselerin tarzlarının değişmesine sebep olur. XI. ve XII. yüzyıllarda Kapadokya Selçukluların eline geçer. Bu ve bunu takip eden Osmanlı zamanlarında bölge sorunsuz bir dönem geçirir. Bölgedeki son Hıristiyanlar 1924-26 yıllarında yapılan mübadeleyle, arkalarında güzel mimari örnekler bırakarak Kapadokya'yı terkettiler.